ส่วนผู้เล่นเดี่ยวของซูเปอร์บอมเบอร์แมน 5 ไม่เป็นตามเส้น ทำให้ผู้เล่นสามารถเลือกได้ว่าต้องการเล่นต่อไปในเลเวลใด[5] เฟสเหล่านี้ล้วนมีพื้นฐานมาจากเกมซูเปอร์บอมเบอร์แมนสี่ภาคก่อนหน้าสำหรับซูเปอร์แฟมิคอม ซึ่งมีเพลงรีมิกซ์และสไปร์ตเดียวกันของเกมดังกล่าว รวมถึงเฟสที่ห้าเป็นเฟสใหม่ทั้งหมด ทั้งนี้ ผู้เล่นสามารถรวบรวมความสำเร็จได้ 100 เปอร์เซ็นต์ โดยขึ้นอยู่กับเส้นทางของผู้เล่น ซึ่งเกมนี้มีตอนจบสองแบบ ขึ้นอยู่กับตำแหน่งที่ผู้เล่นเผชิญหน้ากับบอสตัวสุดท้าย หลังจากจบ 100 เปอร์เซ็นต์ แผนที่เกมจะถูกรีเซ็ต ซึ่งทำให้ผู้เล่นสามารถจบแผนที่ได้ 200 เปอร์เซ็นต์ ครั้นเมื่อเสร็จสิ้น 200 เปอร์เซ็นต์ของแผนที่ ก็จะได้รับรหัสผ่านใหม่

ในโหมดหลายผู้เล่น มีตัวละครให้เลือกเก้าตัวและมีแผนที่ให้เล่นมากกว่า 10 แผนที่ (แม้ว่าแผนที่พิเศษสามแผนที่ในเวอร์ชันทองจะสามารถปลดล็อกได้ในรถเข็นปกติเช่นกัน) โหมดสร้างตัวละคร ซึ่งเป็นเอกลักษณ์เฉพาะของซูเปอร์บอมเบอร์แมน 5 ช่วยให้ผู้เล่นสามารถเลือกตัวละครกับสีของตน และอนุญาตให้พวกเขาได้รับคะแนนจำนวนหนึ่ง คะแนนเหล่านี้สามารถใช้เพื่อติดตั้งไอเทมเพิ่มพลังจากเกมผู้เล่นเดี่ยว ทั้งนี้ หากผู้เล่นเข้าสู่เมนูรหัสผ่าน (ตัวเลือก → รหัสผ่าน) 0413 แผนที่ในโหมดประจัญบานจะเปลี่ยนไป นอกจากนี้ ยังมีตัวละครที่สามารถเล่นได้ 10 ตัวในโหมดประจัญบาน โดยที่เก้าตัวเป็นบอสในโหมดปกติ